Съ иcторiей Троицкой церкви связана и древняя исторiя города Таганрога. Она относится къ числу техъ драгоценныхъ и священныхъ памятниковъ, которые были свидетелями, какъ созидалась и росла жизнь на всемъ побережьи Азовскаго моря. Точныхъ указанiй о постройке этого храма нетъ, но не безъ основанiй можно предположить, что началась ея постройка въ 1698 году съ благословенiя преосвященнаго Авраамiя, митрополита Белгородскаго и Обояньскаго, Была она деревянная съ подвижнымъ антиминсомъ во имя св. Троицы. Освящена она, по всемъ даннымъ, была въ 1699 году, при чемъ присутствовалъ и основатель Таганрога Петръ Великiй во время своего возвращенiя изъ подъ Керчи. Въ 1700 году городъ, какъ известно, былъ сопричтенъ къ прочимъ городамъ Россiйскимъ подъ именeмъ Троицка, именемъ связаннымъ съ главною и единственною тогда церковью. При разоренiи Таганрога согласно Прутскому договору церковь была перевезена пo частямъ въ разныя места,но главнымъ образомъ въ Бахмутъ, и поставлена тамъ близъ землянаго вала, существовавшей тогда цитадели по правую сторону крепостныхъ воротъ и наименована городскою. Въ 1745 году эта церковь по ветхости упразднена, а вместо нея устроена во имя св. Троицы церковь въ другомъ месте Бахмута, а на месте старой церкви стоить небольшая каплица.
Въ 1769 году Таганрогъ былъ возвращенъ, а въ 1771 году епископъ Воронежскiй Тихонъ преподалъ свое благословенiе на построенiе храма въ Таганроге о трехъ престолахъ: св. Троицы, св. Апостоловъ Петра и Павла и великомученицы Екатерины. Но задуманный храмъ былъ неосуществленъ за недостаткомъ матерiаловъ, а потому камендантъ Иванъ Петровичъ Дежедерасъ решилъ пока построить на скорую руку храмъ попроще. Храмъ былъ сделанъ на столбахъ, обшитыхъ досками и покрытъ лубкомъ, но штатъ оставался соборнымъ, ему положено было изъ комиссарiатскихъ суммъ: жалованье по-100 руб. священникамъ, 60 руб. дiакону, по 20 руб. дьячкамъ и пономарямъ съ выдачею казеннаго провiанта. Церкви былъ данъ подвижный антиминсъ во имя Архангела Михаила.
Но съ развитiемъ города церковь оказалась малою, такъ какъ была, расчитана только на 200 человекъ и скоро, какъ постройка не прочная, стала приходить въ ветхость. Тогда епископъ Евгенiй въ бытность свою въ 1778 году въ Таганроге, обратилъ вниманiе на несоответствiе такого убогаго храма съ развивающимся городомъ, и разрешилъ торжественныя богослуженiя совершать въ церкви Николаевской, построенной морскимъ ведомствомъ, впредь до сооруженiя соборнаго храма. Но дело подвигалось медленно, а Архангело-Михайловская церковь продолжала ветшать; въ виду этого комендантъ Касперовъ въ 1782 году решилъ построить деревянную церковь въ другомъ месте крепости и просилъ разрешения на это у своего начальства. Между темъ офицеры, жившiе въ крепости, инженерная и артиллерiйская команды, купечество и другiе жители составили приговоръ, которымъ обязывались собрать средства на построенiе деревянной на каменномъ фундаменте церкви, украсить ее и потомъ доставлять все необходимое для богослуженiя. Въ виду всего этого последовало согласiе епархiальнаго начальства на построенiе новой церкви, закладка каковой и была произведена новоростовскимъ протоiереемъ Iоанномъ Андреевымъ 14 октября 1782 года. Въ 1785 году церковь была уже готова и Марiупольское духовное правленiе, находившееся въ Таганроге доносило епархiальному начальству чрезъ протопопа Стефана Разорецкаго о полной готовности храма, вследъ за темъ былъ назначенъ студентъ Переяславской семинарiи тоже Стефанъ Разорецкiй священникомъ въ новую Михаило - Архангельскую церковь.
Изъ имеющегося при деле таганрогскаго градоначальника сведенiя отъ 17 октября 1876 года, доставленнаго благочиннымъ о. Феодоромъ Покровскимъ видно, что церковь эта въ 1798 году была обращена въ баталiонную и ружную, при чемъ на содержанiе причта ея изъ комиссарiатства выдавалось жалованье въ следующемъ размере: протоiерею 120 руб. въ годъ, священнику 100 руб. дiакону 80 руб., дьячку и пономарю по 21 руб. и ржи по 3 четверти, да крупъ по 12 гарнцевъ. Съ 1834 года по упраздненiи гарнизонныхъ ротъ, жалованье, прекращено, но дьячекъ еще въ 1876 году получалъ изъ местнаго казначейства на провизiю 6 руб. 70 коп.; при этомъ благочинный добавилъ, что въ этой церкви находится четыре иконы, какъ видно, бывшiя наместными, замечательныя по отделке стеклярусомъ, написанныя византiйскимъ письмомъ, но испорченныя последующими поправками; одна небольшая круглая икона Казанской Божiей Матери съ серебрянымъ венчикомъ и подбородникомъ, весомъ въ 2 фунта 49 золотниковъ; это подарокъ Императрицы Екатерины II. Основанiемъ для такого преданiя можетъ до некоторой степени служить находящiйся на серебряной отделке вензель (АВ Е II), но когда именно, и по какому случаю икона передана въ церковь, нетъ никакихъ сведенiй. Сооруженная иждивенiемъ военныхъ чиновъ и таганрогскихъ гражданъ Архангело-Михайловская церковь существовала до 1865 года, по мере приближенiя къ которому, разумеется, приходила въ ветхость, и въ этомъ году староста церкви купецъ Афанасiй Апдреевичъ Бъловъ выразилъ желанiе построить новую церковь во имя того же патрона, но на другомъ месте, именно, на ярмарочной площади, съ темъ, чтобы старая церковь была снесена и изъ ея матерiала построена школа, а утварь ея была бы передана новой церкви. На все это последовало надлежащее разрешенie и приступлено было къ постройке новой церкви, которая въ 1877 г. была окончена. Въ этомъ же году церковь освящена и состоялось перенесенie туда утвари изъ стараго упраздненнаго храма. Но картина снятiя местъ священныхъ предметовъ, постепенное опустенiе храма вывало грустныя мысли у прихожанъ, привыкшихъ въ стенахъ этого стараго храма изливать свои чувства предъ Господомъ.
Ветхiе деньми старики здесь были крещены, здесь венчались и выростили детей своихъ подъ сенью св. Архангела Михаила, дребезжал{1й звонъ стараго колокола, подъ шумъ морской волны, успокаивалъ прихожанина лучше всякой нежной симфонiи — и вотъ двери запираются съ темъ, чтобы никого более туда не впускать. Видъ увозимыхъ священныхъ предметовъ въ такой степени сжималъ сердца аборигеновъ петровскихъ валовъ, что они рыдали какъ дети, а другiе протестовали; одинъ энергичный старожилъ Подосинниковъ, какъ разсказываютъ, схватилъ за уздечку лошадей и не хотелъ допустить увоза утвари церковной: Духовенство церкви, хотя во главе его и стоялъ даровитый и смелый проповедникъ о. Василiй Бандаковъ, оставалось постороннимъ зрителемъ факта. Однако, какъ ни былъ беденъ приходъ церкви, какъ ни были скромны граждане составлявшie его, однако ихъ глубоко оскорбленное чувство вызвало сочувствiе въ городскомъ управленiи, во главе котораго стоялъ тогда городской голова Николай Трифоновичъ Джуричъ. Оно подняло вопросъ о сохраненiи упраздненной церкви какъ историческаго памятника и темъ более, что эта церковь стояла на месте Троицкой, воздвигнутой Петромъ Великимъ. Но возстановленiе церкви потребовало бы и вновь выделенiя прихода отъ смежныхъ приходовъ собора и Николаевской церкви, а также назначенiе новаго причта и разрешения целаго ряда сложныхъ вопросовъ и потому духовенство какъ местное, такъ и епархiальное, отнеслось къ таковому возстановленiю старой Михайловской церкви подъ именемъ Троицкой не сочувственно и началась безконечная переписка. А прихожане между темъ волновались, оданъ видъ безмолвствующего храма удручалъ ихъ. Дело несколько разъ восходило до Святейшаго сiнода, который, какъ видно, оценилъ внутреннiй смыслъ дела, и 23 iюня 1879 года издалъ Указъ Екатеринославской духовной Консисторiи следующего содержания: «оставить Таганрогскую крепостную церковь неприкосновенною и дозволить совершать въ ней богослуженiе, если обществомъ города Таганрога будутъ прiисканы средства на ея поддержанiе и сохраненiе, устроены будутъ при ней для помещенiя священника и псаломщика дома и представлены достаточныя средства къ содержанiю ихъ». Въ утешенiе местнаго духовенства въ указе было сказано, что возстановляемая церковь будетъ по имени своей петровской предшественницы именоваться Троицкою и прихода иметь не будетъ. После таковаго указа была избрана коммиссiя для собиранiя средствъ къ возстановленiю храма и для заведыванiя перестройкою его. Наиболее энергичными деятелями или жертвователями въ этомъ своего рода таганрогскомъ патрiотическомъ деле были Александръ Максимовичъ Стороженко, Михаилъ Петровичъ Соколовъ, Эпаминондъ Николаевичъ Алафузовъ, Андрей Павловичъ Тарасевичъ, и священникъ о. Павелъ Дмитревскiй. Денегъ и матерiала было собрано 23297 р. и отъ города 4000 руб.
Въ 1884 году переделка церкви была почти окончена и церковная утварь изъ Михайловской церкви была возвращена въ Троицкую. Въ 1886 году для церкви решено было определить приходъ; комитеть для распределенiя прихода не былъ особенно щедръ для возстановленной исторической церкви, уделилъ самое беднейшее населенiе упраздненной крепости, прiютившееся въ крепостныхъ землянкахъ. Старостою былъ выбранъ одинъ изъ деятелей по возстановленiи церкви Михаилъ Петровичъ Соколовъ, а честь быть первымъ священникомъ дорогого памятника Петровской деятельности выпала на долю много потерпевшего въ своей жизни священника о. Спиридона Желткевича, который, впрочемъ, не долго подвизался на новомъ поприще своего пастырскаго служенiя и скоро умеръ.